纯粹的软件是不能够享受专利的，这几乎是相同的结论。软件的专利的出发点是人们对软件的实用技术性的一个共同观念，但有关于软件实用的技术性的认识是建立在软件和硬件相结合的基础之上的。如果能够把软件和硬件剥离开来，人们所能看到的技术思想就都是有关数学的逻辑组合了，这等于纯粹的科学原理或者是抽象的公式，而这些就正是专利法所不能够保护的，正如专利就不能够保护牛顿的万有引力定律以及爱因斯坦的相对论一样，否则就会窒息对科学原理的应用。把程序认为是一种算法或者是抽象的公式的时候，无疑就是属于科学原理的范畴之内了，授予软件专利权就等于因为某一个多人垄断了某种思维方法。除此之外计算机软件的专利保护还存在着具体的困难：
一、专利公开制度方面相关的困难。按照专利法的要求，一项发明获得了专利的保护之后，就必须把发明的内容公之于众，以便让他人所了解从而避免重复。但是软件一旦把内容公开了之后，就能够使他人开发出相似的软件，从而令软件的专利人的利益大打折扣导致投资难以收回。
二、专利审查方面的困难。由于软件的产业的发展的速度惊人，使得软件审查的新颖性、创造性、实用性的标准难以确定、软件数量之多、发展之快、程序复杂和耗时长的专利的审查程序的格格不入。
三、保护效果方面的困难。专利是一种排他性的垄断权，主要是通过防止他人的非法利用来发明专利而令专利权人获得利益，但是在软件额场合它的使用结果并能够直接的反映在企业制造或者是销售的商品上。这样他人就可以私下的实施所公布软件的内容了。
四、专利费用和保护期限方面的困难。在各国额法律中专利的申请费用都是很高的，获得专利之后又要每年的交纳维持费用。同时申请专利的过程也是很长的，需要经过严格的审查的，一般是需要3年左右。而专利保护期的各国都规定20年。但是计算机是一种高速发展的技术，软件的更新是十分迅速的，有人就会估计它的平均寿命为8-12个月。
