商标异议与实质审查受到以下三个方面的制约：
一、在客观方面，审查工作的主要内容就是判断申请商标是否与他人在先注册或者在先申请的商标相冲突，申请商标是否与之前商标构成了同一种或者相似商品上的相同或者近似商标。这在技术上主要依赖商标注册与管理自动化系统来进行的。该自动化系统将所有的之前的商标纳入数据库，审查员通过运行来审查程序来检索该数据库，将申请商标与符合条件的之前商标进行比较并作出判断。但这种方式存在两点缺陷：
1、数据库记录的信息可能存在差错。因为建立数据库是通过人工劳动完成的，这个数据库记录了上百万条的商标信息，存在差错是在所难免的。
2、审查程序本身不可能检索出所有的相同或近似商标。商标相同或者相似的情况极其复杂，尽管审查程序的设计尽可能全面地考虑了商标相同或者相似的类型，但显然还是无法穷尽。
二、在主观方面，由于审查员在专业范围、知识面及工作经验等方面存在着个体差异，审查工作必然会受到主观因素的影响。针对相同类型的案例，不同的审查员可能得出相反的判断结果。
三、商标局实质审查工作只根据商标注册申请人提供的材料来进行，一般只能就申请商标是否违反禁用条款，是否与之前的商标相冲突作出判断。至于那些申请注册商标损害的，除了之前商标权之外的其他之前的权利以及以不正当手段抢先申请注册他人已经使用并有一定影响的商标等问题，难以通过实质审查工作来解决这种问题。
商标局的实质审查工作是无法保证所有初步审定的商标都完全符合法律要求。通过商标异议程序就可以对被异议商标作出进一步的审查，鉴别出不符合法律规定的商标不给予注册。所以商标异议是商标局实质审查工作的有效补充。
