一、商标查询的准确性无法得到绝对的保障。任何国家和机构都不敢保证查询的信息绝对具有准确性，这种情况的主要原因是提供查询的档案不够准确、不够完善以及检索人员对于官方的相似的审查尺度把握不够准确。
二、从查询的范围上看，有些国家只能查文字以及数字商标，不能够查询图形商标。相比之下文字商标以及数字的查询比较简单，而图形商标的查询工作量就很大而且难度较高，使得部分国家不接受有关图形商标的查询。
三、新提交的申请要经过一段时间才能让人查询。新提交的申请通常需要等待很多个星期之后才能获得官方的收据。
四、要求优先权的申请可能对查询之后提交的申请构成一定的障碍。《巴黎公约》规定任何成员国的申请人在向某一个成员国提交商标注册申请后的六个月之内，都可以向另一个成员国提交同一种商标的注册申请时要求优先权，把他的第一次申请的日期作为申请的日期。
五、较难查明跨类相似的商标。在大多数的国家里，查询是按照商品以及服务的分类进行的，但在商标注册商品以及服务国际的分类以及其它一些国家或者地区的分类中，都存在着跨类相似的问题。
六、可能构成障碍的驰名商标不在查询的范围之内。《巴黎公约》规定对于没有注册商标的应该加以保护。
