软件著作权登记代办费用一般包括两部分：
一、申请费每个软件300元(登记费250元，证书费50元)，直接缴入国库;
二、代理费
具体说来，有250元/件次。该项目费用只限于程序及其一种文档的登记，如申请登记多种文档，每增加一种文档，增收80元。
例外交存手续费320元/件次。
软件著作权合同登记费
每次100元
软件著作权登记证书费
50/件
变更或补充登记费
150元/件次
请求延期处理费
第一次100元/件次，第二次200元/件次
软件源程序封存保管费
100页为120元，超过100页的，每增加1页增收2元
查询费
计算机信息库查询费
题录库查询，近五年信息：每题50元，超过100条，每条加收0.15元，追溯查询(五年前)，每题75元，超过100条，每条加收0.25 元;文摘库查询，近五年信息，每题10元，超过3页，每页加收0.25元，追溯查询(五年前)，每题15元，超过3页，每条加收0.25元;著作权概况查询，近五年信息，每题100元，超过3页，每页加收0.25元，追溯查询(五年前)，每题125元，超过3页，每条加收0.25元;
纸介质查询费
对指定登记号的档案进行查阅，每件次收费2元，如需复印加收复印费
计算机软件著作权登记免费。
根据财政部《关于清理规范一批行政事业性收费有关政策的通知》（财税[2017]20号）的规定，从2017年4月1日起停止收取软件著作权登记费。
软件著作权登记费包括：
1. 软件著作权登记申请费（含申请例外交存手续费）；
2. 软件著作权登记证书费；
3. 软件著作权合同登记费；
4. 变更或补充登记费；
5. 软件源程序封存保管费；
6. 查询费；
软件著作权登记如果通过代理办理，一般费用为500元每件（受理后31个工作日出证书），西南地区（四川、重庆、云南、贵州）软件著作权登记218元每件，华东地区（上海、江苏、浙江、山东、福建）软件著作权著作权登记仅需318元每件当然如果需要短时间拿到证书是可以通过代理加急的，费用也是几百元到几千元不等，时间越短费用肯定就越高，在这里明确一点就是加急并不是通过什么关系办到的，都是需要缴纳规定的加急费用的
