(一)非法转让问题
所谓非法转让的注册商标，主要就是指注册商标的转让人不是该注册商标的所有人，或者是没有经过注册商标权利所有人的同意，以欺诈或者是任何的不正当手段将其注册商标转让。但是现有的商标转让的程序中，由于法律的文件还存在着很多的漏洞，导致了恶意转让并不是很难的事情。虽然事后的当事人是可以通过法律途径来解决和保护自己的相关利益，但是当事人当时所遭受的重大损失是根本没有办法弥补的。
(二)无效转让问题
所谓无效转让就是指注册商标的转让，不符合商标法律所规定的限制条件，就算是商标转让双方已经签订了商标转让的协议，并且受让方也已经支付了商标转让费，但是这项注册商标转让申请，根本就不会被国家商标局核准通过的，所以这项商标的转让实际上是无效的。
(三)部分转让问题
所谓部分转让指的就是注册商标的转让人没有把和被转让的商标权利，以及相关的其他同类近似商标一起打包转让给商标受让人，而是有意或者是无意的情况下，保留或者隐瞒了一部分和转让商标相近似的同类商标，转让人在商标转让了之后仍然可以保留和使用与被转让商标相似的商标，就会对受让人造成了实际上的经济伤害。
(四)隐瞒被转让商标的权益漏洞问题
商标转让人在转让这项商标的时候，隐瞒了这个商标在转让之前已经允许他人使用，被质押抵债或被转让等问题，这使得商标受让人在受让商标后的实际权益受到巨大的损害。
(五)无效申请问题
商标注册申请被受理知后所取得的《商标注册申请受理通知书》，只是表明了这个申请人的整体资格和商标申请文件符合这项商标注册申请的要求，商标注册申请会被商标局受理而进入审查程序，但它并不代表该商标注册申请成功的可能性大小或其它意思。
(六)多次申请问题
商标注册申请人如果把一个完全相同或类似的商标，在同一个类别中办理的两次或者两次以上的申请，而将下一次的商标注册申请转让他人，那么就算是这个商标具有非常好的创意和可以注册性，这项商标的受让人也不可能得到这个商标，因为商标法规定“两个或两个以上的商标注册申请人，在同种商品或类似的商品上，以相同或者近似的商标进行申请注册的时候，初步审定会公告申请在先的商标”。
