电子商务的商标侵权行为主要具有综合化和新类型化，商标案审判也出现了三难的情况。
一、商标保护管辖确定难。审理商标侵权行为有管辖权的法院包括：被告所在地、侵权行为发生地和侵权结果发生地所属地的法院。需要注意的是在电子商务交易的过程之，可能会涉及商品的交付，交付的结果意味着一定行为的完成，应当视为侵权结果发生地。因此该地点属于电子商务活动中商标权纠纷的侵权行为地。
二、侵权主体判定难。根据证据往往需要原告对侵权行为的实施主体负担起证明的责任，原因在于电子商务缺乏一定的实名制。
三、网络服务提供者责任认定难。电子商务中的网络服务提供者是不会直接的参与商品销售的行为，所以一般不会发生因商品销售而引起的直接侵权行为，这个行为大多数是间接性的帮助行为。按照侵权法的一般理论来说，构成侵权行为应该具有损害事实、因果关系、行为的违法性、主观过错四个要点，判断其中是否存在主观过错，明知道和应该知道是重要的标准。明知应知标准实际上仍然是一个不确定的标准，法院需要通过各种因素去综合判断。
